Salvo la Primera División, las demás categorías tendrán como mínimo un equipo que jugará por primera vez en el cuadro principal. Dos son de la B Nacional, dos de la B Metropolitana, seis del Federal A, dos de Primera C, tres del Federal B y uno de la Primera D. Se destaca la participación de Sansinena, que logró meterse en los 32avos. en su presentación absoluta en el certamen.
La Fase Final de la Copa Argentina 2016 tendrá 16 equipos que debutarán en esta instancia de la competencia. Ellos son Estudiantes de San Luis, Juventud Unida de Entre Ríos, San Telmo, Talleres de Remedios de Escalada, Deportivo Madryn, Gimnasia y Tiro de Salta, Güemes de Santiago del Estero, Unión de Sunchales, Unión Aconquija de Catamarca, Villa Mitre de Bahía Blanca, Deportivo Laferrere, Sportivo Barracas, Sansinena de General Cerri, San Martín de Formosa, Sportivo Rivadavia de Venado Tuerto y Atlas, que jugarán por primera vez en el cuadro principal.
De los 16 equipos, Estudiantes (SL) y Juventud Unida (ER) pertenecen a la B Nacional; San Telmo y Talleres (RE) a la B Metropolitana; Deportivo Madryn, Gimnasia y Tiro, Güemes, Unión (S), Unión Aconquija y Villa Mitre al Federal A; Deportivo Laferrere y Sportivo Barracas a la Primera C; Sansinena, San Martín (F) y Sportivo Rivadavia (VT) al Federal B; y Atlas a la Primera D. El conjunto de General Cerri fue uno de los debutantes absolutos de esta edición y ya se dio el lujo de avanzar a la Fase Final, tras eliminar a Cipolletti de Río Negro.
Un cuarto de los clubes que jugarán en los 32avos. tendrán su primera experiencia en el cuadro principal. Con la clasificación de Atlas, la Primera D volverá a contar con un representante en la Fase Final, luego de la participación de Deportivo Riestra en la edición 2011-2012. Además, Güemes se transformó en el primer conjunto de Santiago del Estero en lograr el pasaje a la instancia decisiva del certamen. La Copa sumará 16 nuevas historias de equipos que querrán hacer historia y llegar lejos durante la presente competencia.
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